Durante la dominazione napoleonica, un periodo travagliato per le vicende politiche dello Stato Pontificio, la Madonna ed il Bambino furono derubati delle corone d'oro! Nella ricorrenza del secondo centenario dell'Incoronazione i Confratelli decisero di promuovere una seconda coronazione della venerata Immagine a cui erano state rubate le corone. Il 24 maggio 1903 ebbe luogo la 2a incoronazione della Madonna e del Bambino con una solenne e grandiosa cerimonia alla presenza di una enorme folla di fedeli e delle più alte autorità civili e religiose.
Le due corone sono state costruite in oro a diciotto carati e vi sono incastonate pietre fine di vario colore, come ametiste, smeraldi, turchine ed acque marine. Il peso totale è di grammi duecentocinquanta ed il costo è stato di lire 1.250 dell'epoca.
In occasione della ricorrenza dell'Incoronazione fu dato incarico alla ditta Morettini di Perugia, costruttrice dei due grandiosi organi della Basilica di S. Giovanni in Laterano, di realizzare, per la Chiesa del SS.mo Nome di Maria, un artistico organo a canne che tenesse conto dei progressi della meccanica organara del tempo. L'organo realizzato risultò di ottima fattura e l'ammontare del costo fu di 3.500 lire dell'epoca. Alle spese concorse graziosamente S.M. l'Imperatore Francesco Giuseppe con la somma di lire 1000.
Ancora una volta si manifestava, così, l'antico legame tra l'Arciconfraternita del SS.mo Nome di Maria e la Casa d'Austria che dal 1694 aveva posto l'Arciconfraternita sotto la sua speciale protezione come atto di ringraziamento alla Madonna per il felice esito della battaglia di Vienna del 1683.